Il suo interno è composto da una sola navata con archi di stile gotico e le pareti sono rivestite da affreschi del '400 e '500. Ci sono delle feritoie che permettono alla luce di entrare e il campanile della chiesetta si dice che abbia suonato l'agonia di San Francesco. La bellezza naturale di Santo Stefano invita alla preghiera e alla meditazione francescana.