L'interno della Chiesa romanica è ad una sola navata con transetto, divisa in tre campate con volta a crociera e archi di sostegno. Nell'abside sono presenti due affreschi del '500, uno rappresentante Santa Caterina d'Alessandria e l'altro la Madonna col Bambino. Sull'arcone dell'abside c'è un Crocifisso seicentesco e nella sacrestia un affresco votivo con la Madonna del Latte e i SS.Francesco, Rocco, Benedetto, Rufino, Chiara e Sebastiano. Passando per una piccola porta sul transetto si esce sul muro di cinta della città, dove dalla terrazza si gode un bellissimo panorama, da Porta San Giacomo fino alla torre della Rocca Maggiore, sino alla valle del Tescio. A sinistra c'è il Palazzo Vallemani sede della Biblioteca Comunale e dell'Accademia Properziana del Subasio.Al lato del portale si trova la lapide di Arnaldo Fortini, uno dei più cari di Assisi. La Biblioteca Comunale è la più fornita del Comprensorio della Valle Umbra Nord ed una parte dei testi sono stati trasferiti al Fondo Antico del Sacro Convento. Un po' più avanti sulla destra, c'è l'Oratorio dei Pellegrini del XV secolo dove sono conservati affreschi di Pier Antonio Mezastris e di Matteo da Gualdo